O Núcleo de Pesquisa Aplicada à Agricultura (Nupagri) da UEM, existente desde 1994, é reconhecido nacional e internacionalmente por manter convênios técnico-científicos com renomados centros de pesquisa, dentre eles: as universidades norte-americanas da Califórnia em Davis, Texas Tech, de Wisconsin-Madison, dos Estados de Michigan, Mississipi, Dakota do Norte e Carolina do Norte, Universidade Autônoma de Barcelona (Espanha), Universidade de Guelph (Canadá), além do Departamento de Agricultura dos EUA, Conselho Nacional de Pesquisas Científicas e Técnicas da Argentina e Instituto de Investigação Agrária de Moçambique.
No que se refere à geração de produtos oriundos de pesquisas, o Nupagri já desenvolveu: uma cultivar de mandioca, fécula branca, introduzida para cultivo no Paraná; três cultivares de milho pipoca; e as cultivares de Feijão Comum Awauna-UEM e Flor Diniz-UEM, as quais encontram-se registradas no Ministério da Agricultura. As pesquisas relacionadas ao melhoramento genético do feijão comum propiciaram, também, a identificação de 14 genes de resistência à antracnose. Destaca-se, ainda, o aprimoramento das práticas de cultivo da mandioca com a introdução do cultivo mínimo e do plantio direto.
São desenvolvidos os seguintes projetos de pesquisa no Nupagri: utilização da genômica e da bioinformática no melhoramento genético do feijão comum visando resistência a doenças; melhoramento de milhos especiais, tais como milho pipoca, milho canjicas, milho doce e milho forrageiro; caracterização e conservação de recursos genéticos de algodão, feijão comum, maçã, mandioca; manejo e tratos culturais de mandioca, milho, feijão comum, soja, canola; avaliação da qualidade das sementes; tecnologia de armazenamento e de secagem de sementes e de grãos.